I 1913 overtog sønnesønnen - der ligeledes hed H. C. Christensen -ledelsen og forestod en udskillelse af rederi og værft, som tidligere var drevet sammen. I 1927 overtog han ligeledes det krakkede Marstal Staalskibsværft. Grundlæggeren H. C. Christensen døde i 1879.

Efter anden verdenskrig måtte værftet grundet uheldige omstændigheder tage et alvorligt underskud, men med lokal opbakning genopstod det som H. C. Christensens Staalskibsværft af 1949 A/S med frøkenerne Christensen som indehavere og Niels Thomsen som direktør. De følgende år blev værftet kendt for at bygge 20 af de 23 Carolinere.

I 1950 havde værftet byggebedding for 85 meter lange skibe og 2 reparations-ophalerbeddinger for op til 65 meter lange skibe. Værftet havde indtil 1951 bygget 52 stålskibe og produktionen fortsatte til 1992 – dog med en lidt omskiftelig tilværelse, hvor forskellige økonomiske og ledelsesmæssige tiltag blev afprøvet.

I 1970 blev værftet købt af Thomas Schmidt A/S og omdøbt til Marstal Stålskibsværft og Maskinfabrik A/S, men måtte lukke igen i 1979. Det genopstod igen da skibsreder Robert Stærke Kristensen overtog værftsområdet, men trods nybygningsordrer måtte værftet lukke igen, hvor Svendborg Værft i en periode overtog resterne og udførte sektionsproduktion frem til 1992.

I 1998 købte Marstal Yacht de gamle værftsbygninger og brugte disse til hovedsageligt vinteropbevaringer. Til reparationer etc. der fulgte i kølvandet på opbevaringerne, lejede man Ebbe Andersen ind og da han senere overtog forretningen, blev bådevæftet døbt Ebbes Bådebyggeri og Sejlloft KS.

I 2013 købte Monica Fabricius – som også er udlært bådebygger her – bådeværftet af Ebbe Andersen. Monica Fabricius er ud af en gammel skibsrederfamilie fra Marstal. I 2018 bliver bådevæftet omdøbt til HCC Bådeværft KS.

I 2021 køber HCC Bådeværft værftsbygningerne og haller omkring Thomsens plads fra Marstal værft, efter de har flyttet deres aktiver til Svendborg.